Die wissenschaftliche Bezeichnung Sciurus setzt sich aus altgriechisch σκιά skia ‚Schatten‘ und οὐρά oura ‚Schwanz‘ zusammen. Das griechische Wort rührt von der in der Antike verbreiteten Ansicht her, dass sich Eichhörnchen mit ihrem gewaltigen Schwanz selber Schatten geben können: „der sich mit dem Schwanz Schatten gibt“.
Die Etymologie von Eichhörnchen ist nicht restlos geklärt. Als germanische Grundlage wird *aikwernan- angenommen. Im hinteren Teil des Wortes steckt vermutlich die indogermanische Wurzel *h₂éi-h₂ur (Gen. *h₂i-h₂urós), die sich auch in den keltischen, lateinischen, baltischen, slawischen und persischen Bezeichnungen für das Eichhörnchen, das Frettchen, den Iltis oder den Marder findet. Die erste Silbe wird teils auf germanisch *aik- ‚Eiche‘, teils auf eine indogermanische Wurzel *aig- ‚sich heftig bewegen, schwingen‘ zurückgeführt. Eich- ist somit vielleicht, -hörnchen sicher eine sekundäre, wenn auch schon in althochdeutscher Zeit anzutreffende Umdeutung nicht mehr verstandener Wortwurzeln. Das scheinbare Grundwort Hörnchen wurde im 19. Jahrhundert zur Bezeichnung der ganzen Familie.
